Atlas-alliansen har et eget sekretariat som er ansvarlig for den daglige driften, koordinering av samarbeid og mottak av forespørsler til stiftelsen. Sekretariatet koordinerer og kvalitetssikrer organisasjonenes prosjekter, og er felles talerør og pådriver for funksjonshemmedes rettigheter i utviklingsarbeid og humanitært arbeid. Det er organisasjonene selv som driver bistandsprosjektene i samarbeid med sine lokale partnere.
Sekretariatet holder til i Storgata 33 A i Oslo, i samme lokaler som FN-sambandet.