Sekretariatet er ansvarlig for den daglige driften, koordinering av samarbeid og mottak av forespørsler til stiftelsen. Sekretariatet koordinerer og kvalitetssikrer organisasjonens prosjekter, og er felles talerør og pådriver for funksjonshemmedes rettigheter i utviklingsland og humanitært arbeid.
Det er organisasjonene selv som driver bistandsprosjektene i samarbeid med sine lokale partnere. Sekretariatet holder til i Storgata 33 A i Oslo, i samme lokaler som FN-sambandet.
Atlas-alliansen er stolte av å være sertifisert som et godt sted å jobbe gjennom A Great Place to Work. Vi jobber kontinuerlig for et enda bedre arbeidsmiljø og for at vår arbeidsplass skal kunne bidra til å nå målet om like rettigheter for alle mennesker og at all norsk bistand og humanitær innsats skal være inkluderende.